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该研究利用全基因组测序（WGS）分析了522株嗜肺军团菌的耐药基因，并通过表型测试验证其耐药性，结果揭示了耐药基因与表型之间的不一致性，强调基因存在并不一定导致耐药表型，突显耐药性验证的必要性。
文献概述
本文《Comparison of Phenotypic and Whole-Genome Sequencing-Derived Antimicrobial Resistance Profiles of Legionella pneumophila Isolated in England and Wales from 2020 to 2023》，发表于《Antibiotics》杂志，回顾并总结了嗜肺军团菌（Legionella pneumophila）在英国和威尔士地区耐药基因的分布及其表型验证。研究结合全基因组测序与最小抑菌浓度（MIC）测试，系统评估了耐药基因在嗜肺军团菌中的功能意义。
背景知识
嗜肺军团菌是军团病（Legionnaires' disease）的主要致病菌，通常通过吸入受污染的水雾传播。尽管其临床耐药仍较为罕见，但近年来已有耐药菌株出现，特别是对大环内酯类和氟喹诺酮类抗生素的耐药性逐渐引起关注。耐药性可通过基因突变或耐药基因（ARG）的获得实现，如23S rRNA突变、lpeAB外排泵、blaOXA-29 β-内酰胺酶等。然而，目前缺乏标准化的耐药检测指南，且表型测试受培养基中活性炭的影响，导致结果不一致。因此，基因组分析与表型测试的结合成为研究热点，旨在更准确预测耐药性并指导临床治疗。
研究方法与实验
研究团队分析了2020至2023年间从英国和威尔士采集的522株嗜肺军团菌，其中281株来自临床样本，241株来自环境样本。通过qPCR和单克隆抗体（mAb）方法进行血清分型，使用Sanger测序进行序列分型（ST）。全基因组测序（WGS）用于筛查耐药基因和关键耐药突变，如23S rRNA、gyrA、rplD等。随后，对携带特定耐药基因的菌株进行最小抑菌浓度（MIC）测试，比较其表型耐药性。
关键结论与观点
研究意义与展望
本研究验证了当前耐药基因筛查在嗜肺军团菌中的局限性，强调基因存在不足以作为表型耐药的唯一依据。未来研究应结合长读长测序以解析耐药基因的基因组背景，并通过表达分析评估耐药基因的调控机制。此外，随着宏基因组检测在临床中的推广，建立可靠的耐药性预测工具对于治疗决策和感染控制具有重要意义。
结语
本研究系统分析了英国和威尔士地区2020至2023年间嗜肺军团菌的耐药基因与表型的关系。尽管lpeAB与大环内酯类MIC升高显著相关，但其提升幅度有限且分布重叠，无法作为明确的耐药判据。而blaOXA-29和aph(9)-Ia基因未表现出表型耐药性，提示耐药性预测需结合突变分析与表达研究。此外，23S rRNA突变可作为高度可靠的耐药标志物。研究强调，仅依赖耐药基因筛查可能误导治疗决策，因此建议将基因组数据与表型测试结合，以实现精准抗菌治疗。
