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该研究通过单细胞和空间转录组学技术，全面解析克罗恩病肠纤维化的细胞类型组成、基因表达特征及空间组织模式，揭示了炎症相关成纤维细胞（IAF）与免疫细胞、内皮细胞之间的相互作用网络，为纤维化疾病的机制研究和治疗策略提供新视角。
文献概述
本文《Single-cell and spatial transcriptomics of stricturing Crohn’s disease highlights a fibrosis-associated network》，发表于《Nature Genetics》杂志，回顾并总结了克罗恩病（CD）相关肠纤维化的细胞与基因表达图谱。研究基于61个样本，涵盖21名CD患者和10名非-IBD对照，利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学技术（Visium）揭示了纤维化区域中成纤维细胞、免疫细胞及肠神经系统的动态变化，并识别了与克罗恩病风险基因模块高度相关的组织微环境。背景知识
克罗恩病是一种慢性肠道炎症疾病，常伴随长期炎症后出现的纤维化并发症，导致肠腔狭窄及功能障碍。目前缺乏有效的抗纤维化治疗手段，且传统小鼠模型难以真实模拟人类CD的复杂病理。近年来，单细胞测序和空间转录组技术成为解析疾病微环境的关键工具，可识别细胞亚型、其基因表达程序及细胞间通讯网络。本研究结合两种组学方法，首次在单细胞分辨率下揭示克罗恩病纤维化组织的空间组织模式，并识别与疾病进展相关的多细胞网络，为理解肠纤维化机制提供了新思路。
研究方法与实验
研究纳入21名CD患者和10名非-IBD对照个体的61份肠组织样本，包括活检和手术切除组织。样本根据宏观病理和内镜评分分为非-IBD、非狭窄、炎症未狭窄和狭窄四类。采用scRNA-seq对上皮和非上皮细胞进行分离测序，结合空间转录组学（Visium）对组织切片进行基因表达定位分析。通过Bray-Curtis差异分析、Dirichlet回归、Lasso回归建模等方法评估细胞类型组成变化和基因表达模式，并构建炎症相关成纤维细胞（IAF）评分系统以识别与纤维化相关的核心细胞程序。关键结论与观点
研究意义与展望
本研究首次在单细胞和空间尺度上揭示克罗恩病肠纤维化的细胞组成和基因网络，强调了成纤维细胞与免疫细胞的相互作用在纤维化中的关键角色。未来研究可进一步探索IAF程序的动态调控机制，并利用高分辨率空间技术验证RNA亚细胞定位，为抗纤维化治疗提供潜在靶点。此外，结合多组学与纵向研究，可追踪纤维化进展并评估治疗响应的分子特征。
结语
该研究通过整合单细胞与空间转录组学方法，系统描绘了克罗恩病狭窄组织中的细胞异质性和基因表达程序，识别了与肠纤维化高度相关的成纤维细胞亚型及其空间定位模式。研究还揭示了三级淋巴结构的基因模块富集及CD风险基因的空间特异性表达，为肠纤维化机制研究和治疗干预提供了关键线索。这些结果不仅深化了对CD相关纤维化的理解，也为其他纤维化疾病（如肺纤维化、肝硬化）提供了可借鉴的分析框架。
