Antibiotics | 分子流行病学揭示黎巴嫩南部碳青霉烯类耐药革兰氏阴性菌

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该研究首次在黎巴嫩南部地区对碳青霉烯类耐药革兰氏阴性菌（CR-GNB）进行分子流行病学分析，揭示了耐药基因的广泛分布及质粒介导的基因水平转移机制，为感染控制提供了重要依据。

 

文献概述
本文《碳青霉烯类耐药革兰氏阴性菌在黎巴嫩南部的分子流行病学监测》，发表于《Antibiotics》杂志，回顾并总结了2023年从黎巴嫩南部多家医院ICU患者中收集的477株革兰氏阴性菌，其中131株为碳青霉烯类耐药菌。这些菌株经过全基因组测序分析，研究其耐药基因、质粒类型和系统发育特征。文章提供了详细的物种分布、耐药性谱型、以及遗传相关性分析，为区域耐药性监测和控制提供了数据支持。

背景知识
碳青霉烯类耐药革兰氏阴性菌（CR-GNB）是医院感染的重要病原体，其耐药机制主要由碳青霉烯酶基因（如blaOXA、blaNDM）介导，这些基因通常位于质粒上，具有高度传播能力。CR-GNB感染常见于重症监护病房（ICU）患者，其治疗选择受限，导致患者死亡率上升。近年来，下一代测序（NGS）技术在耐药菌分子分型、耐药基因筛查和系统发育分析中发挥关键作用，使得感染暴发追踪和耐药性传播路径的解析成为可能。然而，黎巴嫩南部地区此前缺乏系统性基因组数据，限制了耐药性监测与控制策略的制定。本研究填补了该区域CR-GNB的基因组流行病学空白，提供了重要信息以支持精准感染控制。

 

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研究方法与实验
研究团队从2023年1月至12月期间，从黎巴嫩南部10家医院收集477株革兰氏阴性菌临床分离株，其中131株在含2 mg/L美罗培南的MacConkey琼脂和CHROMagar™ mSuperCARBA™上生长，被确认为碳青霉烯类耐药菌。所有CR-GNB菌株均采用Illumina MiSeq平台进行全基因组测序，使用K-mer分析进行快速物种鉴定，多基因座序列分型（MLST）分析，耐药基因（AMR）筛查，以及质粒分析。系统发育树分析采用SaffronTree，进化关系可视化使用iTOL v6。

关键结论与观点

• CR-GNB在黎巴嫩南部的ICU病房中具有高流行率，占总革兰氏阴性菌的27.4%。其中Pseudomonas aeruginosa和Escherichia coli各占26.7%，其次是Klebsiella pneumoniae（19.8%）和Acinetobacter baumannii（17.6%）。
• 耐药性分析显示，0.8%的菌株为泛耐药（PDR），40.5%为广泛耐药（XDR），52.7%为多重耐药（MDR），6.1%为抗微生物耐药（AMR）。
• 所有CR-GNB菌株均携带耐药基因，其中65%为blaOXA型，27%为blaNDM-5，5%为blaNDM-1，2%为blaVIM，1%为blaDIM-1。
• 58%的CR-GNB菌株携带质粒介导的耐药基因，其中96%为Inc家族质粒，57%为Col质粒，11%为rep基因。
• 系统发育分析显示，部分菌株具有医院特异性进化关系，而另一些菌株则在不同医院间共享遗传谱系，表明耐药菌在区域医疗系统中的广泛传播。

研究意义与展望
本研究首次在黎巴嫩南部地区系统分析CR-GNB的分子流行病学特征，揭示了耐药基因的广泛分布及质粒介导的耐药性水平转移。研究结果强调了NGS在耐药菌监测中的关键作用，有助于追踪耐药基因、识别克隆性暴发，并指导精准感染控制措施。未来应加强区域耐药性基因组监测，整合机器学习模型以提升耐药基因模式识别能力，并制定基于基因型-表型关联的精准治疗策略。

 

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结语
综上所述，该研究提供了黎巴嫩南部地区CR-GNB的首次基因组分析，揭示了耐药基因的多样性及质粒在耐药性传播中的关键作用。Pseudomonas spp.、Escherichia coli、Klebsiella pneumoniae和Acinetobacter baumannii为主要耐药菌种，其中blaNDM-5和blaOXA型碳青霉烯酶基因广泛存在。研究强调了基于下一代测序的基因组监测在耐药菌控制中的重要性，为区域耐药性管理、医院感染控制策略提供了科学依据。未来，该地区应加强多中心耐药性基因组流行病学研究，结合机器学习分析，以提升耐药性暴发预警与干预效率。

 

Anwar Al Souheil, Hadi Hussein, Ziad Jabbour, Ghassan M Matar, and Antoine Abou Fayad. Molecular Epidemiological Surveillance of Carbapenem-Resistant Gram-Negative Bacteria in Southern Lebanon. Antibiotics.